B2標段包括輸水干線和南沙支線，其中輸水干線為高新沙水庫段至沙溪高位水池的一部分。該標段起點為廣州市南沙區東涌鎮高新沙泵站GS01#工作井，盾構隧洞先下穿高沙河（西瀝），然后沿著駿馬大道、魚窩頭大道由西向東北延伸，并先后下穿南沙港快速路、南沙大道、廣州地鐵18號線、騮崗水道、市南路、京珠高速公路、廣州地鐵4號線，至廣州市南沙區黃閣鎮留東村的GS04#工作井。南沙支線起點為南沙支線進水閘出口箱涵末端的NS01#工作井，盾構隧洞先下穿高沙河（西瀝），然后平行輸水干線由西向東北延伸，沿線與GS02#工作井、GS03#工作井共用，輸水干線至GS03#工作井后遠離干線并轉東南向，再下穿騮崗水道、南沙港快速路魚黃支線，到達廣州市南沙區黃閣水廠的NS04#工作井。

B4標為輸水干線高新沙水庫至沙溪高位水池的一部分。該標段起點為東莞市沙田鎮的GS08#工作井（本標段不含該井），線路自西向東布置，盾構隧洞先下穿沿江高速公路、沿著進港中路布置，再下穿沙田大道、西太隆河、環保大道、銀河、東莞地鐵2號線、穗莞深城際鐵路、廣深高速公路至東莞市厚街鎮的GS01#臨時井，其后自西向東再設置一條埋管、連接至東莞大嶺山西側的沙溪高位水池及分水口量水間。本標段為單線輸水，設計輸水流量60m3/s，長約8.73km，包括輸水隧洞、工作井、埋管、沙溪高位水池、量水間等主要建筑物。主要建筑物級別為1級，進場交通為專用道路，道路為四級公路，汽車荷載為公路-Ⅱ級。